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Namocell单细胞分离仪应用---单细胞测序
点击次数:3764 发布日期:2018-12-6  来源:本站 仅供参考,谢绝转载,否则责任自负
    2018年11月,Namocell与CZ-Biohub(Chan Zuckerburg Biohub)合作,在单细胞测序领域做出了新的尝试。CZ-Biohub利用Namocell单细胞分离仪分选出目的B细胞,并且将其进行单细胞测序,为抗体新药的发现迈出了重要一步。
    单细胞RNA测序(scRNA-seq)作为一种全基因组测序的方式,在单细胞层面广泛用于确定细胞类型和细胞变异的鉴定。Namocell单细胞分离仪可以通过细胞标记CD27以及一种细胞活性的染料,来分选出单个活的B细胞。通过分析分离后的单细胞基因表达情况,对比静息记忆B细胞,可以从单细胞层面研究基因表达差异。
    图一,人的未成熟记忆B细胞在mCD40L-3T3中批量刺激培养6天。收集细胞并用CD27-PE和CellTracker Green进行细胞染色。通过Namocell单细胞分离仪筛选PE/FITC双阳性的细胞,单细胞分选至96孔PCR板,分选前PCR板中已预先铺好4ul/孔的裂解液。通过cDNA合成情况得出单细胞分选的比例为97%。接下来进行VH和VL抗体可变区域(A,n=8)的特异性基因的扩增或者全转录组文库制备;通过二代测序获取序列,参照静息记忆B细胞BCR抗体表达资料组进行对比分析(B);B细胞激活基因的差异(C);   整体基因升降规律(D)。每孔只有一组BCR转录物,以及通过Sanger测序确定的VH和VL质量,都充分说明了分入PCR管中的只有一个细胞。
    上述实验数据确定了分选出来的单细胞的效率,同时也验证了通过实验前期处理和设门标准得到的确定是激活的B细胞。更重要的是,来自分选后的单细胞的cDNA适用于后续的单细胞转录组文库制备和免疫球蛋白轻重链可变区域的全长PCR。Namocell单细胞分离仪提供了一种全新的桌面式单细胞分选平台,并且可以与下游单细胞测序分析无缝对接。
来源:诺诗乐生物科技(苏州)有限公司
联系电话:4000865580
E-mail:keli@namocell.com

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